Нередко очистка сбрасываемых в озера промышленных и бытовых стоков оказывается недостаточной для восстановления лимнической экосистемы и сочетается с другими восстановительными мерами. Например, оз. Векша (Швеция) площадью зеркала 1 км2 и сред ней глубиной 1.6 м до начала XX в. было олиготрофным, но рост на селения, поступление бытовых и промышленных стоков привели к интенсивному его эвтрофированию. Прекращение в 1958 г. сброса в озеро сточных вод не привело к улучшению качества воды, и только после удаления из озера в 1970-1971 гг. 60 см восстановленного черного и коричневого ила средняя годовая биомасса фитопланктона снизилась почти в 8 раз. Прозрачность воды в озере стала 0.35-0.85 м, рН 5.4-6.7, концентрация хлорофилла 14-113 мг/м3, содержание растворенного кислорода 8.0-11.5 мг/л, общего азота 0.5-0.9 мг/л и общего фосфора 0.09-0.11 мг/л (Data..., 1987). В других мелководных озерах Швеции (озера Финясен, Малмсен, Норвикен) для предотвращения эвтрофирования также потребовалось удалять биогенные вещества из донных отложений (Forsberg, 1989). Аналогичная ситуация возникла на Великих озерах, где предпринятая очистка сбрасываемых в озеро сточных вод привела во второй половине 70-х годов к устойчивой тенденции понижения уровня трофии (Barica, 1989), но возникла другая проблема взаимодействие между биогенными веществами и аккумулированными в донных отложениях токсичными веществами. В оз. Туусуланярви (Финляндия) после прекращения сброса сточных вод исчез дефицит кислорода зимой, но летом при спокойной погоде запас кислорода на глубине 8-10 м быстро истощался. Поэтому с 1980 г. начали аэрировать гиполимнион в июне и июле, чтобы предотвратить освобождение фосфора из донных отложений. В указанные месяцы 1980 г. из донных отложений в водную массу поступало 6 мг/м2 в сутки фосфора. Теплым летом 1988 г. даже аэрация не могла предотвратить полное истощение кислорода в слое воды от 7 до 10 м глубины.
Очистные сооружения необходимое, но недостаточное условие для быстрого восстановления озерной экосистемы. Для полного восстановления оз. Сува (Япония), где в 1979 г. начали работать очистные сооружения, понадобилось 10 лет (Present..., 1990). Для ускорения этого процесса требуется проведение водоохранных мероприятий на водосборе.
Нарушение лимнической экосистемы происходит как при поступлении в озера избыточного количества биогенных веществ, так и других загрязнителей. Поэтому важно знать, как долго продолжается действие тех или иных веществ. В 70-х годах озера, расположенные в лесопарке близ г. Казани, и оз. Верхний Кабан обрабатывались ДДТ для борьбы с малярией. В 1978 г. применение пестицидов было прекращено. Уже в 1980-1981 гг. отмечено резкое сокращение его концентрации в воде озер (до 0.018 мг/л), а в 1985-1986 гг. содержание пестицидов в воде находилось на уровне фона (0.6-1.0 мкг/л). Максимальная концентрация ДДТ в илах (0.3-1.1 мкг/л) отмечена в оз. Лебяжьем, илы которого загрязнены нефтепродуктами. Насыщение ДДТ биоты к 1986 г. снизилось на 70-90 %, но в ряде водоемов оно по-прежнему превышает критический предел (Дегтярева и др., 1990).