Сложность структуры сообществ, оцениваемую их разнообразием, многие исследователи связывают с их стабильностью: чем разнообразнее сообщества, тем они стабильнее. Считается, что сложноорганизованные сообщества с высокоспециализированными видами, характеризующиеся высоким разнообразием и формировавшиеся в течение длительного времени при конкретных условиях среды, стабильные. Такие сообщества контролируются биотическими факторами. По мнению некоторых исследователей, наиболее стабильны сообщества тропической зоны, которые характеризуются значительным разнообразием и высокой специализацией видов, поскольку они имели более длительную историю развития, чем, например, сообщества умеренной зоны. Под влиянием антропогенных факторов и при эвтрофировании водоемов разнообразие и стабильность сообществ водных животных уменьшаются. Однако, как было показано на математических моделях, стабильность сообществ нельзя связывать только с их разнообразием.
Другое понимание стабильности сообществ — способность их сохранять неизменными структуру и функции, несмотря на влияние нарушающих факторов. Однако следует иметь в виду, что не выявлены еще внутренние механизмы сообществ, обеспечивающие их структурное и функциональное постоянство при воздействии факторов среды, по своим свойствам и силе отличающихся от тех, при которых исторически сложилось конкретное сообщество животных.
Бернес и Манн предлагают различать два состояния стабильности: стабильность системы при отсутствии возмущающих сил и ее стабильность, несмотря на наличие таких возмущений. Такая трактовка стабильности в значительной степени объединяет две рассмотренные ранее концепции стабильности сообществ и экосистем. Стабильность сообществ может быть кратковременной (сукцессионной) и долговременной (эволюционной). При этом в соответствии с гипотезой эволюционного времени следует ожидать наличия прямого соотношения между разнообразием сообществ и их возрастом. Так, например, на ранних стадиях развития озер их видовое разнообразие низкое, а затем оно увеличивается. Однако, согласно другой точки зрения, олиготрофные озера более организованы по сравнению с эвтрофными. Несмотря на то что последние эволюционно более продвинуты, они отличаются меньшим разнообразием.
Краткий обзор различных подходов к понятию стабильности сообществ и экосистем продемонстрировал наличие существенных расхождений в понимании этого термина разными исследователями.
Следует отметить, что при определении стабильности и устойчивости биологических систем необходимо принимать во внимание наличие связи между их структурными и функциональными характеристиками. Поэтому предлагается следующая трактовка этих терминов.