Оба варианта возможны в русском языке, написание зависит от части речи.
Правильно
Вышестоящий – правильный вариант написания сложного прилагательного, пишется слитно. Согласно правилам русского языка сложные прилагательные терминологического характера, имеющие в своем составе слова «выше, ниже» пишутся слитно (вышестоящий, вышеуказанный, нижеподписавшийся).
Вышестоящий орган дал нам такие рекомендации.
Вышестоящий начальник любит неожиданные проверки.
Решение собрания может быть обжаловано в вышестоящий орган.
Выше стоящий – правильный вариант написания наречия и причастия, пишется раздельно. В этом случае слова можно поменять местами или вставить между ними другое слово (выше стоящий — стоящий выше – стоящий чуть выше).
Приближение автобуса заметил выше стоящий Анатолий.
Выше стоящий кондуктор хорошо видел входящих и выходящих пассажиров.
«Ура!» — крикнул всех выше стоящий солдат.