В плоских котловинах полесских озер Беларуси, остаточных и некоторых подпрудных котловинах Севера Беларуси подъем уровня вызывает значительное увеличение площади зеркала, затопление прилегающих низких участков, заболачивание. На затопленные участки распространяется водно-болотная растительность, а подводные растительные ассоциации заметно сокращаются в связи с уменьшением прозрачности. Вследствие развития фитопланктона, повышения содержания аллохтонного органического вещества, роста дефицита кислорода зимой ухудшается состояние эпилимниона. Через несколько лет интенсивность продукционных процессов снижается (Николаев, 1986). При сильной заболоченности водосбора начальной вспышки продукционных процессов может не произойти из-за поступления с затопленной территории гуминовых веществ. Неблагоприятные явления послужили причиной обвалования котловины полесских озер при создании на базе их водохранилищ. Примерами могут служить озера Черное и Луково в Беларуси.
На состояние лимносистемы влияет не только изменение среднего уровня воды, но и его режима внутри года. В естественных условиях озеро во время весеннего половодья отличается большой проточностью, благодаря которой из озера выносятся накопившиеся за зиму органическое вещество и продукты его разложения. Поэтому нарушение внутригодового режима уровня на фоне измененного среднего уровня водоема отрицательно влияет на его биологическую продуктивность в целом и рыбную в частности (Николаев, 1986). Изменение внутригодового режима уровня в оз. Жувинтас (Литва), даже при небольшом подъеме его (20-30 см), привело к нарушению условий произрастания подводной растительности, а это в свою очередь стало причиной смены пернатых (Тамошайтис и др., 1984).