Расчлененность ложа и появление переуглубленных участков способствуют возникновению стратификации, что при слабом перемешивании увеличивает вероятность появления анаэробных зон, особенно в гипертрофных озерах. Анаэробные условия способствуют накоплению биогенных элементов в донных отложениях и возврату их в водную массу в периоды циркуляции;кроме того, низкие концентрации растворенного кислорода или полное его отсутствие в таких зонах снижают степень окисления органического вещества и в условиях гипертрофных озер практически не улучшают качества воды.
Направленность и скорость гидрохимических изменений в озерах, происходящих под влиянием изъятия осадков, определяются совокупным действием ряда факторов, ведущими из которых являются: уровень развития экосистемы к моменту добычи сапропеля, структура водного и химического баланса, вещественный состав осадков и др. Частичное выщелачивание вскрытых высокозольных осадков в основании залежи и приток более минерализованных вод с водосбора при понижении уровня приводят к возрастанию содержания суммы основных ионов (в 2 раза и более). В случае выработки карбонатных сапропелей или осадков с повышенным содержанием кальция происходит частичное растворение минералов и солей кальция и магния, что приводит к увеличению общего их содержания в воде. В озерах, накопителях органического вещества вследствие их низкой зольности обогащение водной массы макрокомпонентами незначительно.
Наиболее опасным последствием для экосистем при добыче отложений является обогащение водной массы питательными веществами. Поступление фосфора, основного эвтрофирующего элемента, происходит в результате интенсивного взмучивания сапропеля, что наиболее ярко проявляется при гидромеханизированном способе добычи. Отмечена тенденция возрастания содержания валового фосфора. Наиболее вероятно образование коллоидных форм и только частичное его растворение.
В каждом случае увеличение фосфорной нагрузки способствует возрастанию продукционных процессов и повышение скорости новообразования органического вещества, что повлечет за собой ухудшение газового режима, условий окисления и накопления лабильной фракции органического вещества в водной массе. Значительные изменения количественного и качественного состава водной массы отмечаются в дистрофных озерах. В воде озер возрастают сумма основных макрокомпонентов и содержание фосфора в два и более раз, величина водородного показателя рН до 8.0. Перечисленные показатели создают условия для стимулирования продукционных процессов и способствуют переходу данных экосистем на более высокий уровень трофии. Добыча осадков в гипертрофных озерах значительно снижает внутреннюю биогенную нагрузку, но не решает проблему изъятия биогенных веществ, макрокомпонентов и растворенных органических соединений из водной массы.