Авторы описанного метода определения продукции биоценоза предостерегают от переоценки его значения. Дело в том, что величины, учитываемые при оценке продукции биоценоза, при использовании для решения вышеприведенного равенства суммируются. Поэтому ошибка полученного значения продукции превышает ошибки слагаемых. Существенную трудность представляет установление истинной роли хищных и нехищных животных в системе, определение типов питания и состава пищи отдельных видов, так же как и истинных значений ассимиляции и рационов в условиях конкретных водоемов. Достаточно достоверные значения продукции биоценоза в каждом конкретном случае можно получить после тщательного изучения трофических связей и трофической структуры биоценоза.
При этом необходимо принимать во внимание, что некоторые виды водных животных могут изменять тип питания в онтогенезе при исчезновении какого-либо вида пищи или резком уменьшении ее количества. Так, например, отдельные виды водных личинок насекомых, обычно питающиеся животной пищей, при ее недостатке легко переходят на потребление детрита, т. е. их следует считать факультативными хищниками.
Сообщества животных планктона или бентоса в целом в конкретном водоеме можно рассматривать как совокупности отдельных биоценозов с определенными трофическими уровнями. Закономерности, характерные для биоценозов, могут быть распространены на все сообщество зоопланктона или зообентоса.