Эти методы связаны с добавкой в воду веществ, способствующих осаждению биогенных элементов или преобразованию их в менее доступную для микроорганизмов форму. Методика внесения этих веществ такая же, как на очистных сооружениях. Есть опыт внесения сульфата меди в озера США (Хендерсон-Селлерс, Маркленд, 1990). В результате прекратился чрезмерный рост водорослей, но отмечено снижение содержания растворенного кислорода, что привело к ускорению выделения фосфора из донных отложений. Наблюдалась также гибель рыб в связи с кислородным стрессом и токсичностью меди. На некоторых стратифицированных озерах США (оз. Снейк, шт. Висконсин) для подавления активности фосфора используются квасцы, хлопья которых оседают на донные отложения и впитываются в них благодаря биотурбулентности. Эффект будет через год или два. Применяется также метод химической обработки воды путем разбрызгивания или опыления поверхности воды. Это приводит к осаждению фосфора из водной среды, увеличению сорбционной способности отложений, снижению выделения фосфора из грунта. Но можно обрабатывать только донные отложения, снижая выделение фосфора в водную среду.
В районах выпадения кислотных атмосферных осадков, как показали исследования в Норвегии в 1979-1984 гг., эффективным способом предупреждения избыточного подкисления поверхностных вод является внесение извести в водоемы, в гидрографическую сеть (Rosseland, Hidar, 1988).
Биологические методы основаны на регулировании в озере биомассы макрофитов, водорослей, рыбы путем сбора и изъятия ее из водоема. Вместе с биомассой удаляются из водоема содержащиеся в ней биогенные элементы. Эта процедура может обеспечить значительное снижение содержания биогенных веществ в водоеме. Особенно это относится к регулированию площади высшей водной растительности (Forsberg, 1987). Для этой цели в Швеции рекомендуется производить срезание макрофитов и разрушение их корневой системы. Исследованиями на малых озерных водохранилищах Литвы установлено, что трехкратное подводное выкашивание жесткой водной растительности водномоторной косилкой в вегетационный период полностью уничтожает корневую систему растений (Гайгалис и др., 1981).
В регулируемых озерах определенный эффект для борьбы с зарастанием дает понижение уровня воды после нереста рыб и до конца вегетационного периода. Для удаления макрофитов понижают уровень перед ледоставом и возвращают воду в озеро подо льдом. При этом лед поднимается и вырывает вмерзшую в него растительность. Сразу после таяния льда упавшие на дно растения удаляются. Биологический контроль за ростом макрофитов может осуществляться путем разведения растительноядных рыб (белый амур, толстолобик, карп) и водоплавающей птицы, поедающих ростки и молодые побеги макрофитов и замедляющих их размножение и рост. Изъятие биомассы водорослей и рыбы из озер не имеет широкого распространения и производится лишь в экспериментальных целях (Gophen, 1985). Изучение рыбы в двух американских озерах в 1974 г. показало, что содержание азота и фосфора в четырех видах рыбы составляет всего 0.3-0.5 и 2.4-2.9 % общей массы соответственно. Это составляло лишь 1 % всей нагрузки водоема по азоту и фосфору (ХендерсонСеллерс, Маркленд, 1990).