Истоки двух наиболее прогрессивных линий эволюции рода — ягодных и настоящих яблонь связаны, очевидно, с древним крупным очагом третичных яблонь в Гималаях. Способность настоящих и ягодных яблонь гибридизировмть между собой, наличие у них цельных, свернутых в почкосложении листьев подтверждает происхождение их от общих предков.
Ветвь, давшая современные ягодные яблони, распространялась на восток и северо-восток, эволюционировала в направлении измельчания плодов и приобретения глубокого зимнего покоя. Виды ягодных яблонь распространены на Азиатском материке. Ареал самой холодостойкой ягодной яблони охватывает южные и юго-восточные районы Сибири, Дальнего Востока;Монголию, северные провинции Китая, доходит до Западных Гималаев. Остальные виды сосредоточены в центральном и юго-западном Китае, местами в Бирме.
Плоды ягодных яблонь — мелкие, с опадающей чашечкой, на длинных тонких плодоножках. Цветки в зонтиках, листья все цельные, приспособленные к условиям холодного климата, в почкосложении свернутые.
Вторая из возникших в четвертичном периоде ветвь эволюции, давшая настоящие дикорастущие яблони, распространилась на северо-запад, а также восток.
Настоящие яблони характеризуются достаточно крупными съедобными плодами, имеющими форму «яблока», с остающимися при плодах чашелистиками. Вкус плодов кисло-горький, терпкий, вяжущий или кисло-сладкий, сладкий. Листья все цельные, в почкосложении свернутые. Цветки в зонтиках.
Яблоня горноалтайская
Современные виды секции настоящих яблонь обитают исключительно в Евразии, на пяти более или менее изолированных друг от друга участках ареала: китайском, гималайском, среднеазиатском, кавказском (передне-малоазиатском) и европейском. Основная масса видов настоящих яблонь сосредоточена на среднеазиатском участке, расположенном в пределах мощных горных систем Памиро-Алая и Тянь-Шаня.
Здесь обитает яблоня киргизов (М. kirghisorum Al. ct An. Tiled.), считающаяся наиболее древней из настоящих и близкой к исходной третичной, что подтверждается ее мезофильпостью и совместным распространением с остатками реликтовых ореховых лесов.
В связи с иссушением климата большинство настоящих яблонь приобрело новые приспособительные признаки ксероморфного облика. Достаточно выражены они у основной яблони Средней Азии — Сиверса [М. Sieversii (Ldb.) М. Roem]. У яблони Сиверса значительно варьируют размер и качество плодов, имеются формы с крупными плодами высоких потребительских качеств.
Характерные формы ксерофильной яблони сформировались в Передней Азии — засухоустойчивые низкорослые скороплодные и скороспелые крайне ксероморфного облика, в том числе — туркменская (М. turkmenorum Juz. et М. Pop.) на Западном и Центральном Копетдаге.
Относительно древний вид настоящих яблонь — обитающая на Кавказе по долинам рек, на подгорных равнинах яблоня восточная (М. orientalis Uglitz.) мезофильного облика, которая еще сохраняет черты третичных яблонь и, очевидно, эволюционировала от общих с яблоней киргизов предков. У нее встречаются крупноплодные и высококачественные формы.
В четвертичном периоде из части северных ветвей восточной яблони сформировался самый холодостойкий вид настоящих яблонь мезофильного облика — лесная [М. silvestris (L.) Mill.]. Из первичного центра в бассейнах рек Дона и Днепра с отступлением ледника лесная яблоня расселилась на север, включая Карельский перешеек и Скандинавию, и в дальнейшем обрела обширный ареал, охватив Восточную, Среднюю и Западную Европу.