Первым этапом начала деградации озер является их эвтрофирование, т. е. увеличение уровня биопродуктивности.
Одна из важнейших причин эвтрофирования внутренних вод связана с обогащением их питательными веществами. Даже в условиях относительно постоянной географической среды идет, хотя и медленное, накопление этих веществ в озерах. Можно представить следующую обобщенную картину развития озер: по мере накопления питательных веществ озера переходят от олиготрофного типа с низким уровнем продуктивности к мезои эвтрофному типам со средним и высоким уровнями продуктивности и далее к дистрофному типу. Эта схема основывается на представлении об озере как аккумуляторе вещества, которое участвует в биологическом круговороте. Время развития озера по этой схеме сильно варьирует. Темпы такого развития особенно возросли за последние сто лет, когда поступление в воды суши основного эвтрофирующего химического элемента (фосфора) увеличилось в результате хозяйственной деятельности на водосборах на порядок. Большое количество питательных веществ поступает в природные воды с хозяйственно-бытовыми сточными водами. Интенсификация сельского хозяйства, связанная с активным применением удобрений, также ведет к увеличению эвтрофирования близлежащих водоемов. Малые озера в основном испытывают влияние сельскохозяйственного преобразования их водосборов это сведение лесов, распашка, внесение удобрений.
При антропогенном изменении ландшафтной структуры водосборов меняется скорость поступления прежде всего таких биохимически важных элементов, как углерод, азот и фосфор. В настоящее время установлено, что углерод не может рассматриваться как элемент, сколько-нибудь существенно ответственный за эвтрофирование водоемов, так как благодаря, инвазии атмосферного углекислого газа практически никогда не лимитирует биологические процессы и в первую очередь процессы фотосинтеза. Д. Шандлер (Schindler, 1977) на основании этого вводит понятие естественного механизма компенсации дефицита углерода в эвтрофирующихся водоемах. Это в некоторых случаях характерно и для азота.