Гидродинамические исследования включают изучение стоковых и ветровых течений. Заметные стоковые течения в малых озерах обычно наблюдаются в период весеннего половодья, в остальное время скорость их ниже чувствительности вертушки. Измеряются стоковые течения на постоянных гидростворах, назначенных на характерных участках озера (расширения, сужения) и на постоянных вертикалях. Ветровые течения (скорость и направление) измеряются при ветрах господствующих направлений, имеющих разную скорость. Этими исследованиями выявляются пути перемещения загрязняющих веществ в озере. Поскольку при воздействии ветра на поверхность озера возникают компенсационные течения противоположного направления, то часть загрязняющих веществ не выносится из озера, а циркулирует в водной массе. Стоковые и ветровые течения в значительной степени определяют самоочищающую способность озера.
Гидрохимические исследования должны охватывать разные фазы гидрологического режима озера (зимняя и летняя межень, половодье и дождевые паводки), но особенно маловодные периоды. Наблюдения ведутся на постоянных станциях и обязательно на глубоководной. На каждой станции отбираются пробы воды для определения показателей, в сумме характеризующих качество воды.
Гидробиологические исследования позволяют оценить роль различных биологических сообществ (фито-, зоо-, бактериопланктон, бентос, макрофиты) в биологическом круговороте задержанного водоемом фосфора, от скорости оборачиваемости которого зависит продуцирование органического вещества в водоеме. При этом изучаются структурные и функциональные изменения биологических сообществ, их численности, биомассы, продукции и дыхания при повышении биогенной нагрузки и уровня биопродуктивности озер. Особое внимание уделяется изучению сукцессии видов и выявлению гидробионтов-индикаторов возрастающего эвтрофирования водоема.