Проанализировав все имеющиеся в литературе результаты биоманипулирования на озерах Европы и обследовавшихся после биоманипуляций в течение 3-5 лет, Ю. Бенндерф (Benndorf, 1990) пришел к выводу, что этот метод должен сочетаться с оценкой лимитирования фитопланктона биогенными элементами и светом, особенно в случае высокой фосфорной нагрузки. Критическая биомасса хищных рыб зависит в озерах от большого числа факторов и колеблется в пределах 20-1000 кг/га. Наибольшая стабильность результатов биоманипуляций достигается не при полном уничтожении рыб, а при снижении их биомассы ниже критического уровня, так как высокое разнообразие хищных рыб увеличивает стабильность и эффективность этого метода.
Таким образом, признавая эффективность биоманипуляции как одного из методов восстановления экосистем озер, следует иметь в виду, что успех этого метода зависит от типа водоема и прежде всего от напряженности в их экосистемах трофических связей. Так как биоманипуляция охватывает процессы трансформации органического вещества и биогенных элементов, применение этого метода требует детального изучения экосистемы восстанавливаемого озера. Ввиду частой непредсказуемости ее последствий для озера к применению метода биоманипуляции следует подходить с большой осторожностью.
В современный период, когда озера подвергаются интенсивному антропогенному воздействию, разработка проблемы восстановления лимнической экосистемы становится весьма актуальной. В самом деле, многие озера Латвии, Беларуси, Украинского Полесья прекратили свое существование в связи с развитием мелиоративных работ на водосборе, использованием озер в качестве приемников дренажных вод, понижением уровня, поступлением большого количества продуктов эрозии, биогенных веществ. Поскольку озерный фонд является основным источником водоснабжения в лесной зоне, то сохранение его и восстановление представляет важную задачу современной лимнологии.