В том же году была образована еще одна комиссия, «Комиссия по теории и практике психоаналитического обучения». Она занималась тем же кругом проблем, выработала радикальные предложения по реформе БРБ и в 1956 году была распущена тогдашним руководством БРБ под предлогом того, что она отстаивает недемократичные принципы (Report of Secretary 1957, 352).
Протестуя против авторитарной структуры БРБ, «либералы» в 1956 году объединились, основав «Академию психоанализа». Помимо прочих, в нее вошли Александер, Радо, Гринкер, Зальцман, Фрида Фромм-Райхманн и Эдит Вайгерт. При этом они оставались членами БРБ
В 1959 году президент БРБ Бэндлер организовал третью комиссию, «Комиссию по организации и планированию». Этой комиссии поручалось вновь обсудить статус Совета по профессиональным стандартам. Комиссия, в частности, предложила не назначать членов Совета, то есть представителей местных институтов, по рекомендации самих институтов, а проводить свободные выборы. Далее, комиссия сочла необходимым, чтобы председателя Совета избирали члены БРБ, а не представители институтов. Кроме того, комиссия рекомендовала впредь не оставлять вопрос о приеме членов исключительно на усмотрение Совета, а предоставлять право голоса в том числе и правлению БРБ.
После опроса мнений в институтах БРБ комиссия в 1964 году была распущена, поскольку, как посчитало правление, ее предложения не находят достаточного одобрения.
Еще одним предметом внутренних разногласий стал вопрос об обучении аналитиков. После многолетней подготовки в 1955 году БРБ назначила Бертрама Левина и Элен Росс руководителями широкомасштабной проверки психоаналитических институтов. Вместе с командой сотрудников Левин и Росс собрали все доступные данные, посетили все учебные институты (в то время их было 17), прослушали читавшиеся там курсы, опросили кандидатов и учебных аналитиков и опубликовали свои выводы в книге «Психоаналитическое образование в США» (Lewin, Ross I960).