На данный момент в состав университетов входят следующие психоаналитические институты: Психоаналитическая клиника при Колумбийском университете в Нью-Йорке, Отделение психоаналитического образования в Государственном университете Нью-Йорка, Кливлендский институт при Западном резервном университете, Питтсбургский институт при Питтсбургском университете, Денверский институт в университете штата Колорадо и совместный учебный институт при университете Северной Каролины и Университете Дюка. В процессе создания находится учебный институт при Университете Эмори в Атланте.
Учебные институты при университетах официально не связаны с местными психоаналитическими объединениями. Институты являются частью университета (медицинского факультета или психиатрического отделения) и поэтому подчиняются также университету. Первоначальные опасения, что независимость университетских институтов от местных объединений и введение психоаналитического обучения в университетскую программу отрицательно скажутся на качестве подготовки, оказались необоснованными. Тем не менее учебные институты при университетах испытывают порой трудности, связанные с частой сменой состава преподавателей. Университетская карьера сопряжена с постоянным изменением служебного статуса или места работы. Кроме того, в начале 70-х годов университетские институты гораздо сильнее пострадали от резкого сокращения государственных дотаций, чем прочие институты, существование которых не подверглось серьезной угрозе после сокращения финансирования со стороны Национального института психического здоровья.
Подлинные причины расколов на «ортодоксальные» и «либеральные» группы в большинстве случаев неизвестны. Опубликованные сообщения туманны;из них можно узнать лишь о «сочетании идеологических и личных конфликтов» или о «непреодолимых трудностях».