О событиях, последовавших за «декларацией независимости», известно мало. Бюллетень БРБ в военные и послевоенные годы уже не выходил. Из более поздних сообщений следует, что между 1939 и 1946 годами было основано несколько психоаналитических объединений и учебных институтов, получивших признание БРБ.
В эти же годы в БРБ начались первые диссидентские движения.
В 1939—1946 годы в БРБ были приняты три объединения и четыре учебных института: Детройтское психоаналитическое общество, учебные институты Общества в Вашингтоне и Балтиморе и Психоаналитического общества Топеки, а также объединения и институты Филадельфии и Сан-Франциско. Нунберг основал психоаналитическое объединение и институт в Филадельфии. Детройтское психоаналитическое общество и институт были созданы при содействии Штербы. В Сан-Франциско ядром нового объединения стали Зиммель и Фенихель.
Раскольнические движения 40-х годов начались с разногласий по поводу группы Хорни. В конце концов Нью-Йоркский психоаналитический институт лишил Хорни права преподавать, и группа Хорни вышла из Нью-Йоркского психоаналитического объединения (и тем самым из БРБ).
Вскоре после этого вторая группа «диссидентов» сложилась вокруг Бингера, Радо, Кардинера и др. Эта группа не выходила из БРБ, и БРБ относилась к ней терпимо. Другие конфликты, в которые мы здесь вдаваться не будем, были связаны с Райхом и Райком 16.
Карен Хорни опубликовала в 1937 году книгу «Невротическая личность нашего времени», а в 1939 — «Новые пути в психоанализе», вызвав серьезные волнения своей неопсихоаналитической версией теории Фрейда. В 1941 году она вместе с единомышленниками вышла из Нью-Йоркского психоаналитического общества и основала «Ассоциацию развития психоанализа», а также учебный институт, «Американский институт психоанализа».
Поскольку Хорни не желала допускать к обучению немедиков, в 1942 году Клара Томсон, Эрих Фромм и Гарри Стэк Салливен отделились от нее, основав в Нью-Йорке «Институт Уильяма Алансона Уайта». Он не был признан БРБ, поскольку к обучению в нем допускались лица без медицинского образования (см. статью Г. Хржановски в т. III).
В 1944 году еще одна группа (Мармор, Роббинс и др.) отделилась от Хорни, так как она не поддержала план этих аналитиков создать психоаналитический институт в рамках Нью-Йоркского медицинского колледжа. Группа Мармора создала затем «Нью-Йоркский медицинский колледж, центр на Пятой авеню», но не обращалась к БРБ с просьбой о признании их института.
Хорни покинула психоаналитическое общество, поскольку не находила там «академической свободы», на которую рассчитывала. По тем же причинам примерно в 1942 году образовалась группа аналитиков вокруг Бингера, Кардинера, Миллета и Радо, в течение многих лет возглавлявшего до этого Нью-Йоркский институт.