Первый раскол произошел в 1946 году в Нью-Йорке. «Либеральная» группа Бин-гера, Радо и Кардинера отделилась от Нью-Йоркского психоаналитического общества, основав при Колумбийском университете институт и психоаналитическое объединение под названием «Ассоциация психоаналитической медицины». «Разногласием во мнениях» объяснялись и произошедшие в 1947—1950 годах разделения Общества и института в Вашингтоне и Балтиморе, Филадельфийского психоаналитического общества и института, а также Аос-Анджелесского психоаналитического общества и института. Бибринг, тогдашний председатель «Комиссии по делам институтов», сообщает о ситуации в Филадельфии и Лос-Анджелесе: «Различия по основным позициям в вопросах обучения и подготовки, очевидно, достигли такой степени, что дальнейшее сотрудничество стало нежелательным, а то и совсем невозможным... Поскольку компромисс представляется невозможным и даже нежелательным...
Члены обоих институтов в Филадельфии и Лос-Анджелесе по-товарищески решили, что для достижения собственных целей будет лучше полностью разделиться, создав два независимых института вместо одного» (Bibring 1950,17).
Наиболее сложной и запутанной оказалась история Психоаналитического общества и института в Детройте. Этот институт был признан БРБ в 1947 году, но в 1953 БРБ аннулировала это признание на том основании, что «эмоциональная атмосфера в данном психоаналитическом сообществе наносит ущерб нормальному обучению психоанализу» (Board on Professional Standards 1955,725). Из намеков, содержащихся в другом постановлении, можно сделать вывод, что Детройтское психоаналитическое общество и институт лишились аккредитации из-за того, что некоторые детройтские аналитики подверглись обвинению в «несанкционированном обучении», то есть они проводили анализ лиц, не имеющих медицинского образования, работавших или собиравшихся работать в качестве психотерапевтов.