Восстановительные работы в озере условно можно разделить на следующие группы: инженерные, химические, биологические. Несмотря на разный характер мероприятий, реализация их может служить для одной и той же цели. Например, для борьбы с зарастанием водоема могут использоваться как инженерные меры (повышение и регулирование уровня водоема), так и биологические (посадка в водоем растительноядных рыб и др.).
Инженерные меры связаны со строительством сооружений, использованием механизмов, а также различных механических приемов восстановления. Наиболее распространенной инженерной мерой является реконструкция озера в водохранилище, которая осуществляется путем строительства водоудерживающей плотины в истоке вытекающего из озера водотока. Этим достигается повышение уровня (глубины) в водоеме и его регулирование в течение года путем увеличения или уменьшения сброса воды из озера. Ожидаемый экологический эффект: уменьшение взмучивания донных отложений и, следовательно, увеличение прозрачности воды в водоеме, уменьшение площади макрофитов. Увеличение сброса воды в период наибольшего поступления биогенных веществ и понижение уровня в озере приводят к увеличению условного водообмена и, следовательно, к снижению фосфорудерживающей способности водоема (рис. 18). Для реконструкции в водохранилище более пригодны озера с крутыми берегами, так как при подъеме уровня не происходит значительного затопления и подтопления прилегающей территории. Подъем уровня в озере не должен превышать 0.5-1.0 м, так как при большем подъеме уровня значительно активизируется переработка берегов, другие береговые процессы (овражные, оползневые) (Широков, 1983), нарушаются условия произрастания макрофитов (Мешкова, 1960).
При реконструкции в водохранилище озер с пологими берегами (озера Белорусского Полесья) для сокращения площади затопления следует применять обвалование берегов водоема. Этот же прием позволит ограничить попадания в озеро загрязненных вод с прилегающей территории.
Подъем уровня в регулируемых озерах может вызвать всплывание торфа в связи с газообразованием внутри торфа, особенно в теплый период. Лучшим способом удаления из озера плавающих островков торфа, как показали наблюдения на оз. Пийпсярви (Финляндия), является их разрезание на куски необходимого размера в период ледостава с последующей транспортировкой на берег после таяния льда. Потопление торфа грузом минеральной почвы, как показали эти же исследования, требует значительно больших расходов, чем вышеизложенный способ.
Дноуглубление озера, с одной стороны, является способом увеличения глубины водоема с вытекающими из этого последствиями (нарушением условий обитания макрофитов, бентоса, термического режима водоема и др.), с другой необходимой мерой по снижению негативного влияния на водную массу загрязненных донных отложений. Сюда же относится добыча из озер грунта в качестве строительного материала (песок), сапропеля ценного удобрения. Однако выемку грунта и сапропеля даже в хозяйственных целях необходимо сочетать с задачами оздоровления озер и производить в разумных пределах. По наблюдениям на оз. Андреевском (Урал) с площадью зеркала 14 км2 и средней глубиной 2 м, где земснарядами добывается песок, дноуглубление, превышающее пятикратную прозрачность воды, отрицательно действует на экосистему эвтрофного озера (Насыров, Шарапова, 1989). В отдельных случаях дноуглубление рекомендуется производить на небольших участках озерной котловины в виде каналов или ям, которые будут служить зимовалами для рыбы и выполнять другие функции (Глазачева, 1970;Понько, 1976).
Необходимость механического удаления донных отложений из озера возникает тогда, когда они представляют сульфидный черный сапропель (Alhonen, 1985) или содержат большое количество биогенных веществ. Удаление их производится методами гидромеханизации (всасывание со дна поверхностных отложений) и землеройными машинами (скреперы, экскаваторы), ковшом, срезающими слой донных отложений. Первый способ, хотя и не приводит к значительным нарушениям окружающих отложений, требует обработки богатого биогенными веществами порового раствора перед его возвращением в озеро (Хендерсон-Селлерс, Маркленд, 1990). Для этого производят двойной отстой жидкого ила на берегу: сначала освобождают его от твердых частиц, а затем поровую жидкость обрабатывают квасцами и аэрируют. После этого очищенный сток возвращается в озеро.