Влияние хозяйственной деятельности человека на структуру озерной экосистемы проявляется через сток воды и наносов, вынос биогенных веществ. Сведение лесов и распашка земель приводят к уменьшению годового стока водотоков, снижению уровня грунтовых вод, что в свою очередь вызывает уменьшение поверхностного притока в озеро и сброса воды из него, понижение уровня воды. Осушительная мелиорация только в первые 3-4 года способствует увеличению годового стока водотоков, а в последующие годы его величина уменьшается, и это также ведет к понижению уровня озер. Применение удобрений при осушительной мелиорации, сточные воды с животноводческих ферм вызывают увеличение выноса биогенных элементов в озера. Все это обусловливает антропогенное эвтрофирование водоемов.
Помимо хозяйственной деятельности на водосборе на экосистему озера оказывают влияние такие техногенные воздействия, как изменение уровня воды в озере, добыча сапропелей и грунта, использование озер в качестве водоемов-охладителей, для рекреации, промышленное загрязнение озер и др. Последствия перечисленных видов воздействия на озера далеко не однозначны и требуют различного подхода при восстановлении водоемов.
В основе научной концепции восстановления экосистемы озера должны лежать такие теоретические положения лимнологии, как природный потенциал озера, трофический статус, устойчивость экосистемы. При этом под восстановлением озера следует понимать не возврат экосистемы озера в ее начальное состояние, что при современных климатических условиях и хозяйственном использовании водосбора практически невозможно. Можно ставить задачу снижения биогенной нагрузки на озеро и как следствие изменения соотношения между продукционно-деструкционными процессами.
Добиться снижения биогенной нагрузки на озеро возможно путем осуществления мероприятий как на водосборе, так и в самом озере. Первоочередность этих мероприятий зависит от соотношения между внутренней и внешней биогенными нагрузками. Мероприятия на водосборе включают агро-лесо-луго-гидротехнические мелиорации, уменьшение дозы минеральных удобрений, замены их биологическими и др. Для увеличения глубины озера чаще всего применяется реконструкция его в водохранилище. Дноуглубление, в том числе и добыча сапропелей, должно рассматриваться как крайняя мера. Для снижения концентрации биогенных элементов в озере применяются выкашивание высшей водной растительности, изъятие избытка рыбных запасов.