Мониторинг озера и его водосбора должен носить комплексный характер и проводиться не менее 2-3 лет, учитывая разную водность лет наблюдений.На водосборе озера необходимо обследовать все притоки, сопоставить границы всех угодий на крупномасштабных картах и в натуре. После этого по картам определяются гидрографические характеристики притоков, необходимые для выявления связи стока воды и биогенных элементов водотоков с отдельными из них, например с лесистостью и распашкой водосборов. Такие зависимости позволяют реконструировать водный и биогенный баланс озера, соответствующие естественному состоянию водосбора, и оценить природный потенциал озера.
В программу работ на озере входят исследования водного, биогенного и биотического балансов, термического и гидродинамического режимов.
Исследования водного баланса озера позволяют выявить и оценить роль отдельных источников в наполнении озера, в том числе грунтовых вод. Это особенно важно в связи с составлением баланса биогенных веществ, содержание которых в разных источниках не одинаково. На основе воднобалансовых исследований устанавливается величина условного водообмена озера (отношения объема вытекающей из озера воды к объему водной массы за тот же период). Воднобалансовыми исследованиями малых озер Латвии и Карельского перешейка установлено, что сброс воды из озера превышает приток из основного водотока (Воронцова, 1984;Веселова, Юдин, 1984;Прыткова, 1988). Поэтому показатель условного водообмена, вычисленный по сбросу воды из озера, будет больше его значения, определенного по притоку.
На основе многолетних воднобалансовых исследований необходимо выявить характер связи между условным водообменом и уровнем воды в озере, который зависит от строения чаши озера. Эта связь будет прямой для озер, расположенных в относительно глубоких котловинах, где с подъемом уровня рост объема сбрасываемой воды опережает увеличение объема водной массы. Наоборот, в широких мелководных озерах типа Большого Ракового на Карельском перешейке небольшому подъему уровня соответствует значительное увеличение объема водной массы и слабое увеличение объема сбрасываемой воды. В этом случае связь между условным водообменом и уровнем озера будет обратной. Выявление характера этой связи особенно необходимо, если в процессе восстановительных работ предполагается изменение уровня озера. При этом необходимо иметь в виду, что с изменением уровня озера происходит перестройка водного баланса и изменение условного водообмена, а кривые связи между условным водообменом и уровнем озера будут разные для естественного и нарушенного состояния.