В лабораторных условиях помимо анализов проб воды и донных отложений изучается реакция водорослей на добавление в озерную воду биогенных веществ и выявляются ростлимитирующие биогенные вещества для данного водоема (Хендерсон-Селлерс, Маркленд, 1990).
Ценные сведения об изменении планового очертания озера, площади его зарастания можно получить на основе сопоставления разновременных съемок озера, в том числе и аэрокосмических съемок (Мальцев, Ускова, 1990). На основе этих материалов можно установить
связь динамики морфометрических характеристик озера, его зарастания с изменением гидроклиматических условий.
Предпроектные исследования озера позволяют оценить его современное состояние (трофический статус, устойчивость экосистемы), выявить причины, приведшие к ухудшению состояния озера, а также установить все многообразие экосистемных связей. Последнее можно выразить в виде уравнений регрессии или другой математической модели экосистемы озера, верифицированной на основе выполненных полевых работ и описывающей поведение экосистемы. Моделирование позволяет ответить на вопрос, что произойдет с экосистемой, если изменится один или несколько ее начальных параметров. Из всех вариантов, полученных на основе моделирования, выбирается тот, который более всего отвечает поставленной задаче, например снижению содержания в озерной воде биогенных или других веществ.
Проект восстановления (оздоровления) озера должен опираться на результаты комплексных исследований водоема и математическое моделирование его экосистемы. При этом необходимо четко определить конечную цель восстановления экосистемы, зависящую от хозяйственного назначения водоема (рыбохозяйственное, рекреационное, комплексное и др.). Поскольку требования к качеству воды в водоеме при разных видах его использования различаются, то при комплексном использовании водоема в расчет принимаются самые жесткие критерии качества воды.