Если в мезотрофном озере биомасса зоопланктона значительно увеличилась, уменьшилось содержание хлорофилла, сменились доминирующие формы фитопланктона и возросла прозрачность воды, то в эвтрофном озере при доминировании сине-зеленых водорослей эффект был незначителен. В гипертрофном же озере, где доминировали зеленые водоросли, изъятие рыб привело к положительному эффекту, но концентрация фосфора не изменилась.. и этот эффект был кратковременным. Различия в реакции озерных экосистем на биоманипуляцию авторы объясняют различиями скоростей седиментации водорослей вследствие их различного состава, а также ослаблением воздействия рыб при возрастании глубины водоема.
Эти примеры показывают, что применение метода биоманипуляции как способа восстановления озер требует знаний особенностей их экосистем, а также тщательного изучения трофических взаимоотношений внутри нее. В эвтрофных озерах изменения в ихтиоценозе ведут к меньшим изменениям зоопланктона и практически не отражаются на фитопланктоне, развитие которого определяется биогенными элементами. Существует теория, по которой регуляция обилия организмов „сверху" по мере продвижения по трофической пирамиде вниз падает, а роль регуляции „сверху" возрастает (McQueen е. а., 1986). Это положение теории проверялось в оз. Св. Джедт (Канада), где анализировались данные о численности рыб, составе и биомассе зоопланктона, концентрации хлорофилла, содержании биогенных элементов и прозрачности воды в периоды естественной смертности популяций рыб и восстановления их численности (McOulen е. а., 1989). Из всех связей четкая корреляция была получена лишь между содержанием общего фосфора в эпилимнионе и концентрацией хлорофилла. Эти работы подтвердили наличие разрыва „трофического каскада" в звене зоопланктон-фитопланктон эвтрофного озера.
Для достижения большего эффекта биоманипуляция часто сочетается с методами, способствующими уменьшению поступления в озеро биогенных элементов. Так, успех в оздоровлении оз. Весиярви (Южная Финляндия) одной очисткой сточных вод и искусственной аэрацией его гиполимниона в 1976 г. был кратковременным. В качестве дальнейшей задачи его оздоровления авторы работ ставят уменьшение плотности популяции плотвы в озере до 30 г/м2 (300 кг/га) (Juha, Sammalkorpi, 1988;Horppila, Kairesalo, 1990).
Более 10 лет осуществляется программа улучшения качества воды на оз. Мичиган (США), которая состоит в уменьшении биогенной нагрузки и увеличении запаса хищных рыб (Dorazio е. а., 1987). Примером применения комплексных мер оздоровления может быть оз. Труммен (Швеция), где в 1970-1971 гг. был удален 0.6-метровый слой донных отложений с высоким содержанием биогенов и выловлено 15 т леща и плотвы (Andersson, 1988). Немаловажная роль в очистке озера биологическим путем принадлежит и макрофитам. Как показали работы, проведенные на гипертрофном оз. Лвемласт (Нидерланды), обилие вселенных в озеро макрофитов (Nuphar lutea и Chara globularis) привело к лимитированию в нем роста фитопланктона из-за недостатка азота.
Это способствовало большей продолжительности стадии „чистой воды", чем только после изъятия планктоноядных рыб (Ozimek е. а., 1990). При восстановлении экосистем мелких озер в Нидерландах авторы пришли к выводу, что стабильность фазы „чистой воды" в большинстве случаев достигается при уменьшении биомассы рыб до уровня менее 50 кг/га и зависит от развития погруженной растительности и количества фосфора, начальный уровень содержания которого должен быть ниже 0.10 мг/л (Hosper, Jagtman, 1990). Для трехсот мелких озер Дании было показано, что длительный эффект от сокращения численности рыб-планктонофагов возможен только в том случае, когда фосфорная нагрузка снижается до уровня 0.5-2.0 г/м2 в год, что соответствует средней за лето концентрации фосфора в водоеме не выше 80-150 мкг/л (Jeppesen е. а., 1990).