В 1946 году произошла реорганизация БРБ. Отныне БРБ уже не имела федеративную структуру, а являлась объединением отдельных членов. Местные объединения — прежде «общества с правом голоса» — становились теперь «дочерними обществами». Все важнейшие функции управления, принадлежавшие местным обществам, делегировались БРБ и ее комитетам.
Впредь местные объединения должны были заниматься только «научными вопросами». Теперь БРБ посредством «Комиссии по делам учреждений», созданной «Советом по профессиональным стандартам», и «Ревизионной комиссии» не только контролировала создание новых объединений и учебных институтов, но и посредством «Комиссии по вопросам членства» определяла также прием новых членов в БРБ. Получив психоаналитическое образование, уже нельзя было автоматически стать членом БРБ, необходимо было пройти в ней дополнительную проверку.
Членство в БРБ и продолжало оставалось привилегией только врачей. В новый устав были перенесены основные принципы обучения и допуска специалистов.
«Географическое правило» было отменено. Теперь в одном регионе могли получить признание несколько объединений и институтов. Это привело к тому, что уже в 1946 году Вашингтонское психоаналитическое общество отделилось от Балтиморского, а Лос-Анджелесское психоаналитическое общество — от Психоаналитического общества Сан-Франциско. Ассоциация психоаналитической медицины и ее институт, Колумбийская клиника, получили признание новой БРБ в том же 1946 году.
Далее было разрешено создавать институты, связанные не только с психоаналитическими объединениями, но и, например, с медицинскими факультетами университетов. Это, по замыслу, должно было способствовать включению психоаналитического образования в общее психиатрическое обучение.
Устав БРБ после 1946 года подвергался лишь незначительным изменениям. В 50-е и 60-е годы предпринимались различные шаги к восстановлению принципа местной автономии, но они не имели успеха. С реорганизацией изъяны в структуре БРБ и ее контрольного органа не только не были устранены, но даже стали более явными, что послужило причиной определенных внутренних разногласий.