Большие изменения будут происходить на затопленных болотах и прежде всего всплывание торфа. Этому способствуют большие площади прибрежных мелководий, благоприятствующих прогреву воды летом и газообразованию в торфе. Промерзший зимой торф на болоте весной будет оторван при повышении уровня воды (Алексеева, 1982). В зоне подтопления растительность верховых болот будет изменяться с формированием эвтрофных и мезотрофных группировок. Растительность низинных болот почти не изменится, как и верховых болот на водоразделах.
В самом озере изменения охватывают прежде всего литоральные и сублиторальные урочища в связи с процессами переработки берегов, образованием нового профиля равновесия береговой зоны (Якушко, 1989). Происходит формирование абразионных и аккумулятивных участков, обрушение и осыпание высоких берегов и заболачивание, подтопление низких. Одновременно с переработкой берегов существенно изменяется характер седиментации в сублиторальных и даже профундальных урочищах: увеличивается содержание грубого песчаного материала, сокращается накопление органического вещества. Повышение уровня, а следовательно увеличение площади и объема озера, сказывается на состоянии всей озерной системы по разному, в зависимости от типа озерной котловины.
В котловинах ложбинного, эворзионного, сложного, отчасти подпрудного типа с высокими берегами и склонами подъем уровня влечет за собой увеличение не столько площади, сколько объема воды, выступая как фактор „омоложения" всего озерного комплекса: возрастают содержание кислорода в гиполимнионе, прозрачность воды, сокращается аномально высокая биомасса фитопланктона. Эти явления зафиксированы в таких, например, озерах Беларуси, как Обстерно, Езерище, Яново, Паулье. Общим следствием повышения среднего уровня в таких озерах является частичная или полная деградация макрофитов в первые годы существования озера-водохранилища (Николаев, 1986;Мешкова, 1960). Формирование новых зарослей растягивается минимум на 10-15 лет.