Для количественной оценки структуры сообществ животных, характеризуемой их разнообразием, используют разные индексы
разнообразия, среди которых наибольшее распространение в гидробиологии получил информационный индекс Шеннона.
Этот индекс суммирует обширную информацию о численности и составе организмов. В отличие от других индексов разнообразия, индекс Шеннона в меньшей степени зависит от величины выборки и хорошо отражает разнообразие искусственных микрокосмов, как это было, например, экспериментально показано Робинсом и Сандгрином.
В гидробиологию индекс Шеннона был введен Маргалефом, и стал широко применяться при оценке степени загрязнения водоемов и водотоков. Когда поступление энергии извне велико, например при загрязнении или эвтрофировании водоемов, уровень разнообразия сообществ водных организмов понижается, структура сообществ упрощается и тогда они уже включают виды с широкими экологическими спектрами. Под влиянием поступающих загрязнений в сообществах донных животных, например, происходит сокращение трофических связей, выражающееся, в частности, в резком уменьшении количества или полном исчезновении хищных животных и животных-фильтраторов (губок, моллюсков), что приводит к уменьшению значений индекса разнообразия.